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Une jeune femme en robe de nuit s’enfuit en courant, le soir, dans une sombre forêt publique près de Bellefleur en Oregon. Elle trébuche, tombe et déboule au bas d’une butte. Une lumière blanche apparaît en haut de cette butte, pendant qu’un tourbillon de vent agite branches et feuilles. Au même moment, une silhouette d’apparence humaine émerge à travers la lumière. La jeune femme, qui ne s’est pas relevée, regarde cette silhouette s’avancer vers elle. La lumière devient alors si intense qu’elle recouvre tout.

Le lendemain, on découvre son corps dans la forêt. La police locale est sur les lieux. La mort ne remonte qu’à quelques heures, affirme le coroner John Truitt. Le cadavre ne présente aucun signe d’agression. On remarque cependant dans son dos la présence de deux étranges marques rouges, légèrement protubérantes. Le lieutenant Miles reconnaît la victime: c’est Karen Swenson, une camarade de classe de son fils. Truitt lui demande si elle n’appartenait pas elle aussi de la promotion de 1989. «Ça recommence, hein, lieutenant?», ajoute-t-il. Mais Miles, le visage fermé, s’éloigne sans ajouter un mot.

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La jeune Dana Scully, agent fédéral, mais médecin de formation et professeur à l’Académie de Quantico en Virginie, se présente au siège du FBI à Washington. Elle a été convoquée par le chef de section Scott Blevins. Deux hommes dont on ne connaît pas l'identité assistent à l’entrevue. L’un d’eux reste muet et fume, debout dans son coin. On l’appellera l’Homme à la cigarette. Le troisième homme demande à Scully si elle connaît un agent nommé Fox Mulder. De réputation seulement, répond-elle sans hésiter. C’est un psychologue, diplômé d’Oxford, qui a écrit un livre sur les tueurs en série et les sciences occultes. Scully se souvient du sobriquet qu’on lui donnait à l’Académie, «le Martien» (en anglais: Spooky, celui qui fait peur). Ce Mulder, explique Blevins, s’est pris de passion pour des  dossiers «en marge de ceux qu’on traite habituellement au Bureau» («unassigned projects») et qui concernent des phénomènes plus ou moins inexpliqués. Ce sont les «X-Files» («affaires non classées» en français). Blevins demande à Scully d’assister Mulder dans son travail, mais de produire également un compte rendu détaillé sur ses activités et sur leur validité. Bref, conclut-elle, on compte sur elle pour remettre en cause («to debunk») «le service des Affaires non classées» («the X-Files project»).

Au sous-sol du même immeuble, Scully frappe à la porte du bureau de Fox Mulder, qui se proclame aussitôt le «plus mal-aimé des agents du FBI». Le jeune homme accueille sa nouvelle partenaire avec bonne humeur, mais se tient visiblement sur ses gardes. «Je pensais que vous étiez là pour m’espionner», dit-il. Mais il a fait ses devoirs à propos de Scully et a même lu sa thèse de physique. «Réécrire Einstein, en voilà une référence!», s’exclame-t-il non sans ironie. Scully cherche à gagner sa confiance, tout en affichant sa profession de foi en la science. Mulder la met à l’épreuve en lui montrant des diapositives de Karen Swenson et d’autres personnes qui ont été trouvées mortes à différents endroits des États-Unis, sans qu’on ait réussi à identifier la cause de leur décès. Ces personnes avaient toutes les mêmes marques rouges dans le dos. L’autopsie de Karen Swenson a révélé que les tissus autour de ces marques contenaient une substance organique inconnue. Karen est la quatrième de sa promotion à mourir dans des circonstances mystérieuses. Manifestement, Mulder s’amuse à déstabiliser sa nouvelle partenaire. Quand il lui demande si elle croit aux extraterrestres, elle réplique de façon tout à fait «raisonnable» que l’énergie requise pour franchir les distances entre les astres serait beaucoup trop considérable. Selon elle, tout ce qui paraît inexpliqué peut être expliqué par des causes naturelles; il suffit de regarder au bon endroit.

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Le lendemain, les deux agents se rendent enquêter à Bellefleur. D’étranges turbulences se produisent durant le trajet en avion. Scully paraît s’en inquiéter, mais pas son partenaire. En version originale anglaise, Mulder commente l’incident avec un petit sourire et une remarque: «This must be the place» («Ça doit être ici» ou «Nous sommes arrivés»), ce qu’on a traduit en français par «Les problèmes commencent».

Couvrant le reste du trajet en voiture, les agents discutent de l'affaire. Scully, qui n'a pas cessé d'étudier le dossier depuis le voyage en avion, fait part de ses découvertes à son partenaire: les rapports d’autopsie des trois premières victimes de Bellefleur omettent de signaler la présence de marques rouges comme celles trouvées sur le corps de Karen Swenson. De plus, note-t-elle, c’est un autre médecin légiste qui a réalisé ces autopsies, le docteur Nemman. Son partenaire lui annonce qu’il a demandé l’autorisation d’exhumer le corps de Ray Soames, un des trois jeunes gens en question.

Un autre phénomène étrange se manifeste peu de temps après avoir passé un panneau leur souhaitant la bienvenue à Bellefleur. La radio et les cadrans du tableau de bord deviennent fous brusquement. Sans fournir d’explication, Mulder arrête la voiture et, sous les yeux ahuris de Scully, marque l’endroit sur la route d’un grand «X» avec une bombe de peinture en aérosol.

Les agents se rendent ensuite au cimetière de Bellefleur, où l’’exhumation du corps de Ray Soames est déjà en cours sous la direction du coroner Truitt. À peine Mulder et Scully arrivent-ils sur les lieux que le docteur Nemman se présente à son tour, accompagné de sa fille Theresa. Nemman réagit très mal au fait qu’on veuille déterrer le corps. Pourtant, les causes du décès ne sont pas si claires, comme le fait remarquer Mulder. Ray Soames, qui était traité pour schizophrénie, s’est enfui de l’hôpital et on l’a retrouvé mort de froid par une belle nuit d’été. Tandis qu’on remonte le cercueil, un accident se produit. Une des attaches se rompt brusquement. Le cercueil tombe à la renverse et va rouler plus bas dans le cimetière. Le choc fait céder le couvercle. Mulder s’approche et, faisant fi de la procédure officielle,  ouvre complètement le cercueil. Le corps en décomposition qui se trouve à l’intérieur dégage aussitôt une forte puanteur. Ce corps n’a pas la forme d’un être humain, mais celle d’un petit humanoïde d’allure simiesque.

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Le soir même, Scully pratique sa toute première autopsie de la série sur les restes du pseudo-Ray Soames. Pendant que Mulder sautille d’enthou­siasme autour d’elle avec son appareil photo, Scully affiche un professionnalisme à toute épreuve. Cette histoire a l’air d’une mauvaise blague, affirme-t-elle, et ce qu’elle a sous les yeux est probablement la dépouille d’un orang-outang. Mulder réclame néanmoins que le corps soit soumis à des examens plus approfondis.

Il est 4 h 37 du matin. Scully tape son rapport sur son ordinateur portable. Les radiographies ont révélé la présence d’un petit objet gris métallique dans la cavité nasale du cadavre. Cet objet que Scully n’hésite pas à qualifier d’«implant», elle l’a prélevé et le garde maintenant avec elle dans un tube de verre.

Mulder frappe à la porte de sa chambre. Il est trop nerveux, dit-il, et il a besoin d’aller faire un tour. Veut-elle l’accompagner? Scully répond qu’elle n’a pas envie de perdre une heure de sommeil de plus. Mulder parti, elle retourne pourtant à ses radiographies, qu’elle regarde avec fascination.

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Le lendemain, Mulder et Scully se rendent dans un hôpital psychiatrique rencontrer deux autres jeunes qui faisaient partie du même groupe que Ray Soames et Karen Swenson. Il s’agit de Billy Miles et de Peggy O’Dell. Tous deux ont été victimes d’un accident d’automobile quatre ans plus tôt. Depuis, Billy demeure plongé dans un état catatonique, alors que Peggy, condamnée au fauteuil roulant, le veille et lui fait la lecture. Lorsque Mulder parle de lui faire subir un examen médical, la jeune fille pique une épouvantable crise de nerfs accompagnée d’un spectaculaire saignement de nez. Pendant qu’on tente de la calmer, Mulder et Scully découvrent la présence de marques rouges dans son dos.

En sortant de l’hôpital, une Scully furieuse accuse son partenaire de lui cacher des choses. Mulder avoue qu’il ne lui a pas tout dit, mais ajoute qu’il ne la sent pas prête à absorber certaines vérités. En fait, selon lui, tous ces jeunes ont été enlevés (et non «manipulés» comme on le dit en version française). Par qui? Mulder ne répond pas directement, mais Scully comprend ce qu’il sous-entend. Elle repousse absolument toute hypothèse impliquant des extraterrestres. Une explication alternative s’impose. Comme toutes les victimes ont été attirées par la forêt, c’est là qu’il faut aller voir.

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Sans qu’on sache très bien pourquoi, les deux agents attendent le soir pour se rendre dans la fameuse forêt. Ils ne mettent pas beaucoup de temps à constater qu’il s’y passe effectivement des choses étranges. L’aiguille de la boussole de Mulder s’affole et tournoie sans raison. Scully ramasse une poignée de poussière cendrée qui lui paraît suspecte. Soudain, on entend un grondement et une lumière puissante éclaire une partie de la végétation. Une silhouette humaine apparaît dans la lumière. Scully sort son revolver et s’écrie: «FBI! Agent Dana Scully!» Ce n’est pas un extraterrestre qu’elle a devant elle, mais le lieutenant Miles armé d’un long fusil. L’homme ordonne à Mulder et Scully de quitter les lieux. Leur appartenance au FBI ne l’impressionne pas. Il se dit prêt à les arrêter tous les deux s’ils ne s’en vont pas immédiatement. Mulder ne s’entête pas. Il entraîne Scully avec lui et tous les deux quittent sagement la forêt.

Sur le chemin du retour,  Une forte pluie tombe sur la route. Mulder a comme un pressentiment. Il consulte sa montre: 9 h 03. Aussitôt, une clarté aveuglante envahit tout. Lorsque les deux agents retrouvent leurs esprits, Mulder constate que neuf minutes de temps ont disparu (il ne veut pas dire qu’ils sont restés inconscients neuf minutes, mais que les neuf minutes en question se sont volatilisées). Scully s’empresse de le contredire en affirmant que le temps est une «donnée universelle invariante». «Dans ce comté, c'est pas sûr!» («Not in this zip code!»), jubile son partenaire.

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Les agents rentrent au motel. Plus tard dans la nuit, Scully rédige une partie de son rapport sur son ordinateur portable. Dehors, l’orage finit par provoquer une panne de courant. Scully décide alors de se faire couler un bain à la lueur d’une chandelle. En se déshabillant, elle croit apercevoir dans son dos des marques rouges similaires à celles des jeunes victimes de Bellefleur. Effrayée, elle se précipite à moitié nue chez Mulder et lui demande de l’examiner. Son partenaire la rassure: ce ne sont que des piqûres de moustique. Soulagée, mais encore secouée, Scully se jette dans ses bras. Au cours des minutes qui suivent, une forte intimité se crée entre eux (en version française, ils finissent par se tutoyer). Mulder entreprend de livrer des confidences sur le sens de sa mission. Il raconte à Scully qu’une tragédie de son enfance a tout déclenché chez lui, la disparition inexpliquée de sa sœur de huit ans alors qu’il n’avait lui-même que douze ans. Cet événement l’a traumatisé. Plus tard, avec l’aide du docteur Heitz Werber, il a pu sous hypnose renouer avec certains de ses souvenirs refoulés. La nuit de la disparition de sa sœur, une grande lumière a jailli à l’extérieur de la maison. La fillette l’appelait, mais le jeune Fox est resté paralysé, incapable de lui porter secours. Des années plus tard, au retour de ses études en Angleterre, sa carrière d’analyste des comportements criminels l’a conduit à se passionner pour les dossiers X-Files. Mulder parle aussi des obstacles qu’il a rencontrés pour obtenir certaines informations détenues par les autorités. Il laisse entendre qu’il bénéficie d’une certaine protection grâce à des relations qu’il a au Congrès. «Le gouvernement en sait beaucoup! Et je dois savoir ce qu'il protège! Et tout le reste m'est égal, tu comprends? D'autant que je sais que je ne suis pas loin de la vérité!»

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Un coup de téléphone interrompt les confidences. Une voix de femme anonyme dit à Mulder que Peggy O’Dell vient d’avoir un accident. Les deux agents se rendent immédiatement sur les lieux. Un camionneur explique que la jeune fille s’est précipitée sous ses roues. «Comment ça, elle courait?», demande Mulder incrédule. En examinant brièvement le corps, Scully s’aperçoit que la montre de Peggy, brisée par le choc, s’est arrêtée à 9 h 03. De son côté, Mulder apprend de Truitt que le corps du pseudo Soames a été volé au laboratoire d’autopsie. Et comme un malheur n’arrive jamais seul, les deux agents réalisent bientôt qu’un incendie est en train de dévaster le motel où ils logent, détruisant à peu près toutes les preuves qu’ils avaient ramassées sur l’affaire, ainsi que les rapports rédigés par Scully sur son portable («Adieu, mon bel ordinateur!»).

C’est alors qu’une jeune fille se présente devant eux pour leur demander protection. C’est Theresa Nemman, la fille du médecin légiste qui avait fait un esclandre au cimetière à propos de l’exhumation de Ray Soames. Elle craint pour sa vie. Les agents l’emmènent avec eux dans un restaurant. Là, elle avoue avoir les marques elle aussi et, comme Peggy, des saignements de nez. Son père est au courant, mais il ne veut pas qu’elle parle de son histoire à personne. Il cherche à la protéger, dit-elle, bien qu’elle doute qu’il en soit capable. Theresa révèle également que tout a commencé l’été marquant la fin de ses études, alors qu’avec un groupe de camarades de sa classe, elle s’était rendue dans la forêt pour fêter (en version française, elle parle de l’été précédent, mais Theresa appartient manifestement à la promotion de 1989, comme Karen Swenson et Ray Soames). Depuis, chacun semble attiré par cette forêt et y retourne contre sa volonté. Theresa pourrait en dire plus, mais un étrange saignement de nez, suivi de l’arrivée importune du docteur Nemman et de Miles père met un terme à son témoignage. Les deux hommes se font menaçants à l’endroit des agents. Nemman ramène sa  fille à la maison, presque de force, et le lieutenant Miles ordonne à Mulder de ne pas approcher son fils Billy.

Privés de cette informatrice privilégiée, les deux agents ressentent l’envie soudaine de faire un tour au cimetière, en pleine nuit et sous la pluie battante, afin de visiter les tombes des deux autres victimes de l’affaire. Par malheur, elles sont vides toutes les deux. Quelqu’un — on ignore qui — vient juste de les déterrer. C’est alors que Mulder est saisi d’un de ces éclairs de génie dont il va faire sa spécialité tout au long de la série. Il annonce à Scully qu’il «croit savoir» qui a tué Karen Swenson. Le lieutenant Miles? demande Scully. Non, répond Mulder, c'est son fils, le comateux Billy. Et il surenchérit: c’est Billy, sous l’influence de puissances extraterrestres, qui attire les jeunes vers la forêt. Quant aux marques sur les corps, ce pourrait être les traces d’expériences génétiques causant des «mutations» (ce qui expliquerait l’état rabougri et simiesque du corps de Soames). Devant l’énormité de tout ce qu’elle entend, Scully éclate de rire. Plutôt que de se fâcher, Mulder l’imite.

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Le lendemain, les deux agents vont néanmoins rendre visite à Billy Miles. Pendant que Mulder interroge l’infirmière, Scully examine les pieds du jeune homme et les trouve couverts de cette étrange poussière qu’elle a ramassée dans la forêt. «Mais c’est de la folie!», s’écrie-t-elle en sortant. Il lui faut maintenant admettre que Billy, le «légume», est bel et bien allé marcher là-bas. Mulder lui fait remarquer qu’elle va devoir l’écrire dans son rapport et qu’elle serait mieux de fournir des preuves. L’échantillon de cendres qu’elle avait prélevé ayant disparu dans l’incendie du motel, il lui faut retourner dans la forêt.

Une fois encore, les agents attendent le soir pour entreprendre leur expédition. Sitôt entrés dans la forêt, les deux agents entendent des cris de détresse. Miles père surgit et assomme Scully en la frappant au front. «Vous auriez dû m’écouter, dit-il. Je vous ai dit de rester hors de tout ça.» Il menace aussi Mulder qui l’accuse de savoir depuis le début que son fils Billy est impliqué. Nouveau cri de femme. «Il va la tuer!», plaide Mulder. On aperçoit Billy en pyjama, torse nu, dans une clairière. Il s’est accroupi devant Theresa Nemman, allongée par terre. Le père Miles tient son fils en joue avec son fusil; il tire, mais Mulder l’empêche de l'atteindre. Billy est maintenant debout, plongé dans une sorte de transe, et il tient Theresa Nemman dans ses bras. Un tourbillon de feuilles les entoure, tandis qu’une grande lumière blanche provenant du ciel les enveloppe. Encore étourdie, Scully s’avance vers la scène, attirée par la détonation. La lumière blanche se fait alors complètement aveuglante. Puis elle disparaît. Billy est encore là. Il est resté debout et a recouvré ses esprits. Il n’a plus ses marques rouges dans le dos. Theresa Nemman est à ses pieds, bien vivante. Le père de Billy court embrasser son fils.

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Le 22 mars 1992, au siège social du FBI à Washington, le docteur Heitz Werber interroge Billy Miles sous hypnose, en présence de Mulder. Le chef de section Blevins, ses deux collègues ainsi que Scully assistent à une partie de l’interrogatoire derrière un miroir sans tain. Billy confirme que la lumière est apparue pour la première fois le soir où ses amis et lui célébraient la fin de leurs études dans la forêt. Cette lumière l’a emporté vers ce qu’il appelle «le lieu des tests» et l’a chargé ensuite d’y amener les autres. On lui a placé quelque chose dans la tête. C’est par ce canal qu’on lui transmettait ses ordres. Les tests n’ayant pas donné les résultats espérés, les responsables de l’expérience — quels qu’ils soient — ont décidé de tout arrêter. Billy craint cependant leur retour. Blevins et ses collègues en ont assez entendu. Ils se retirent. Scully reste sur place et regarde Mulder de l’autre côté du miroir. Son partenaire tourne les yeux dans sa direction, comme s’il pouvait la voir à travers la vitre. Elle s’en rend compte et paraît troublée.

Un peu plus tard, dans son bureau, le chef de section Blevins reproche à Scully l’invraisemblance de son rapport. La base scientifique de ce qu’elle avance est «indéfendable», prétend-il, et elle n’a pas de preuve matérielle à présenter. Scully tient tête à Blevins et lui remet la seule pièce à conviction qui reste de l’affaire, l’implant qu’elle a retiré du crâne du pseudo Ray Soames et qui a échappé à la destruction parce qu’elle avait pris soin de le conserver sur elle. L’analyse en laboratoire n’a pas réussi à identifier le matériau dont il est fait. Et quel est l’avis de l’agent Mulder, demande Blevins? «L’agent Mulder pense que nous ne sommes pas seuls dans l’univers», réplique bravement Scully. Puis elle quitte le bureau de Blevins. En sortant, elle croise l’Homme à la cigarette qui entre à son tour dans la pièce.

Le soir même (il est 11 h 21), Scully réfléchit à tout ça dans son lit, les yeux grands ouverts. Un coup de téléphone de Mulder lui apprend que leurs rapports ont disparu. Il ne reste plus aucune trace de l’affaire. «Il faut qu'on en parle, Scully!» «Oui, demain», répond-elle.

La dernière scène de l’épisode est une des plus célèbres de toute la série. On voit l’Homme à la cigarette s’avancer dans un immense entrepôt. Il va ranger dans une petite boîte de verre l’implant que Scully a remis à Blevins, au milieu de quantité d’autres objets du même type. Quand il referme la porte derrière lui, on aperçoit une affiche qui indique clairement que l’entrepôt se trouve à l’intérieur du Pentagone.

Août 2007